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        空間單細胞病理 數據分析軟件

        單位名稱:澳門大學 聯系人:謝先生 聯系方式:02081309552 郵箱:1079017915@qq.com 地址:澳門
        所屬地域
        廣東省
        專業領域
        生物技術和新醫藥
        專利狀態
        已申請專利
        成果權屬
        本人
        項目階段
        小批量生產階段
        合作方式
        技術轉讓
        合作方擬投入資金
        101~500萬元

        詳細介紹

            空間單細胞技術不僅可以獲取單細胞的信息,還可以得知細胞之間的空間關系信息。使得生物學家的研究不局限于一個個的細胞,而可以直接研究整個細胞網絡,組織微環境以及組織微觀結構。而空間單細胞數據的分析難度和成本巨大,我們通過開發針對該數據的分析軟件,幫助非數據科學家也能獨自開展空間單細胞的數據分析工作。軟件具有優秀的用戶體驗設計,包含許多空間分析算法,具有較低的硬件配置要求。期望解決空間多組學數據的整合分析問題和加入人工智能算法對空間單細胞病理數據進一步利用。

            項目已完成所有的原型模塊的開發,其中空間分析模塊,鄰近分析模塊,基礎統計模塊均完成原型開發,可視化模塊原型代碼已全部完成,且上述模塊仍在持續改進中(https://github.com/Mr-Milk/SpatialTis)。完成主框架的研發及原型系統的思想,在預期功能均已全部實現的基礎上,我們針對部分的計算密集型模塊采用了 Rust語言進行重寫以達到極高的性能。部署了持續集成的工作流,每一次修改提交都將進行自動化測試與構建?,F階段測試覆蓋率超過80% 。軟件的 架構文檔與使用指南已完成撰(https://spatialtis.readthedocs.io/),并針對該軟件包撰寫了相關的教程和樣本數據?;谠拖到y開展相應的驗證分析,項目采用兩個已發布的數據對軟件進行了驗證 ,成功重復原始文章中的結果(https://github.com/Mr-Milk/SpatialTis-Tutorial)。軟件已足夠在學術界用于數據分析。

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